Režim DPH sa vyberá podľa právneho dôvodu, prečo je položka bez dane, nie podľa výšky sadzby. Vo Faktúrach online ho nastavíte pre celú faktúru v poli Režim DPH, alebo pre jednotlivé položky v stĺpci pri položke, ak potrebujete na jednej faktúre kombinovať zdanené a nezdanené plnenia. Neplatiteľ DPH režim nevyberá.
Na výber je bežné plnenie so sadzbou, prenesená daňová povinnosť (DPH odvedie odberateľ, tuzemské § 69 ods. 12 aj služby firmám v EÚ), oslobodenie od dane (§ 28 až 42), dodanie tovaru do iného štátu EÚ (§ 43), vývoz tovaru mimo EÚ (§ 47), prechodné položky mimo predmetu dane (§ 22 ods. 3, napríklad miestna daň za ubytovanie alebo kaucia) a služba s miestom dodania mimo EÚ (§ 15 ods. 1). Na PDF faktúre sa režim prejaví hviezdičkou pri položke a legendou pod QR kódom.
Pri e-faktúre je správny režim dôležitý: každý dostane inú kategóriu DPH a kód dôvodu, podľa ktorých príjemca faktúru zaúčtuje. Podrobný prehľad s príkladmi nájdete v článku Režimy DPH na faktúre v sekcii e-faktúra.